Créer un dossier data à la racine du projet :

/home/marc/my_cake_project/data

Modifier le groupe de ce dossier

chgrp www-data data

Ainsi le serveur web a les droits en écriture sur le dossier où sera stocké la DB.

Éditer le fichier config/app.php

Remplir la section Datasources comme suit :

'Datasources' => [
    'default' => [
        'className' => 'Cake\Database\Connection',
        'driver' => 'Cake\Database\Driver\Sqlite',
        'persistent' => false,
        'host' => 'localhost',
        'username' => '',
        'password' => '',
        'database' => ROOT . '/data/my_app.db',
        'timezone' => '+01:00',
        'flags' => [],
        'cacheMetadata' => true,
        'log' => false,
        'quoteIdentifiers' => false,
        'url' => env('DATABASE_URL', null),
],