En général juste avant le block body du template de base, afin que les messages Flash puissent être affichés sur n'importe quelle page.

/templates/base.html

{% with messages = get_flashed_messages(with_categories=true) %}
    {% if messages %}
        {% for category, message in messages %}
            <div class="alert alert-{{category}}" role="alert">
                {{message}}
            </div>
        {% endfor %}
    {% endif %}
{% endwith %}
 
{% block body %}{% endblock %}

@app.route("/test")
def test():
    flash(u"Vous êtes redirigé vers l'accueil", "info")
    return redirect(url_for("home"))

Dans ces exemples j'utilise la classe Bootstrap alert pour le rendu des messages.

Donc les noms de catégories que je donne aux messages correspondent aux classes Bootstrap :