Créer deux sous-dossiers contrib et custom dans le dossier modules :

/var
    /www
        /drupal
            /core
            /modules
                /contrib    <= modules de la communauté
                /custom     <= modules personnels
            /...

Ainsi un module nommé MonModule sera situé dans /var/www/drupal/modules/custom/monmodule, et sa structure sera la suivante :

/var
    /www
        /drupal
            /modules
                /custom
                    /monmodule
                        /config
                            /install
                                monmodule.settings.yml
                            /schema
                                monmodule.schema.yml
                        /src
                            /Controller
                                MonModuleController.php
                        monmodule.info.yml
                        monmodule.install
                        monmodule.module
                        monmodule.permissions.yml
                        monmodule.routing.yml